两者最大的区别就是标的股被纳入的权限和购买场所不同。
1、标的股被纳入的权限不同：
根据上海交易所规定，沪股通标的股条件是：1、上证180指数的成份股;2、是上证380指数成份股、并且能在A+H股上市的股票。如果不满足以上条件就不会被纳入。
根据深圳交易所规定，深股通标的股条件是：1、上市企业在深交所的A+H股公司的股票;2、标的股的市值需要满足60亿元人民币以上的深证成分指数;3、市值60亿元人民币以上的中小创新成份股。如果不满足以上条件，则不会被纳入。
2、购买场所不同：
沪股通买的是上海证券交易所上市公司的股票;深股通购买的是深圳证券交易所上市公司的股票。
此外投资者还需了解的是，被纳入沪股通或者港股通的股票，好处在于有利于得到港资或者外资的看好，促进股票的流动性。
深股通加仓说明什么
深股通加仓说明投资者通过香港券商开户后，持续追加买入深交所限制范围内上市的股票。加仓的前提是已经预测出汇价的波动趋势，并且后期市场还会有较强的趋势的发展。只有在这个前提之下，投资人选择加仓的风险才是最低的。
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